Badania archeologiczne świadczą o istnieniu osadnictwa na Ponidziu już w epokach kamiennej i brązu tj. przed 1700 r. p.n.e. do 700 p.n.e. Tu z końcem IX wieku powstało pierwsze plemienne państwo Wiślan. Panowanie Kazimierza Wielkiego dało Ponidziu liczne fortyfikacje od Wiślicy po Nowy Korczyn.

Kije to jedna z najstarszych wsi Ponidzia, położona przy starym „szlaku cysterskim” Jędrzejów – Staszów, której początki sięgają XI wieku. Podanie ludowe głosi, iż na pagórku zwanym teraz Winnicą stał zamek jakiegoś księcia, którego władzy podlegały sąsiednie włości. Znana jest również legenda o wypełnianiu ściętymi kijami przestrzeni dzielącej kolegiatę od grodu na Winnicy, skąd rzekomo pochodzi nazwa miejscowości. Po raz pierwszy nazwa ta wymieniona została w dokumencie ks. Henryka Sandomierskiego z 1166 r. dla joannitów w Zagościu. Następny dokument z okresu 1170 – 1175 r. wydany dla Zagościa przez Kazimierza Sprawiedliwego wymienia czterech dziesiętników z Kij, chwilowo przebywających w Zagościu. W dokumencie z 1198 r. wyliczając majętności stanowiące uposażenie klasztoru bożogrobców w Miechowie, również wymieniono wieś Kije, jako znaczniejszy ośrodek osadniczy lub administracyjny. W dokumencie z 1213 r. znajduje się informacja o dość wczesnym istnieniu dwóch prebend w Kijach, z których jedna, w wyniku ugody między biskupem krakowskim Wincentym i komesem Wojsławem, została nadana kolegiacie w Kielcach. Również  Jan Długosz wielokrotnie wspominał Kije i dobra „klucza kijowskiego”.

Na terenie Kij dość wcześnie natrafiamy na ślady życia religijnego. Prawdopodobnie już w 1120 r. Piotr Dunin pobudował tu romański kościół. Źródła przyjmują, że jego fundatorem był Henryk Sandomierski. W tym czasie miejscowość była też siedzibą kasztelanii, którą w drugiej połowie XII stulecia przeniesiono do osady Czechów. W roku 1326 Kije figurują w źródłach jako siedziba dziekana i od tej pory występują już stale jako stolica dekanatu, który rozciągał się od Czarnej Nidy na północy, po Wiślicę na południu. Uszczuplenie terytorium parafialnego nastąpiło w okresie między rokiem 1598 a 1664. Według tradycji pod Grunwaldem dziedzic Kij pokonał komtura krzyżackiego i na znak triumfu zdarty z niego płaszcz kazał przerobić na ornat dla kościoła. Od XVII do końca XIX wieku przy kościele funkcjonował szpital. Pełnił on rolę domu starców oraz schroniska dla ubogich.

Na początku XVIII wieku na obszarze gminy miała miejsce największa i najkrwawsza na ziemiach polskich bitwa wielkiej wojny północnej. W dniu 19 lipca 1702 roku na podmokłych i lesistych terenach pomiędzy Kliszowem, Rębowem, Borczynem, Wierzbicą, Górkami, Kijami i Kokotem, doszło do starcia kilkudziesięciu tysięcy żołnierzy. W biwie walczyły połączone wojska sasko-polskie, pod dowództwem króla polskiego Augusta II Sasa, i wojska szwedzkie, którymi dowodził król szwedzki Karol XII Sudermański. Pomimo liczebnej przewagi i lepszej znajomości terenu August II bitwę przegrał.  Większość pamiątek materialnych związanych z bitwą pod Kliszowem znajduje się w Szwecji, Niemczech i Rosji. W muzeach, archiwach i bibliotekach tych państw spoczywa broń i rynsztunek użyte w bitwie, oraz plany, relacje i opisy walk. Wieś Kliszów znalazła się po bitwie w sprawozdaniach i opisach najważniejszych ówczesnych europejskich strategów, polityków i władców.

W XVI i XVII wieku w Kijach istaniała szkoła parafialna, którą zlikwidowano w początkach XIX wieku, ze względu na brak funduszy. W latach 70-tych XIX wieku działały dwie szkoły w Rębowie i w Stawianach, a pod koniec dwudziestolecia międzywojennego było już 9 szkół powszechnych.

Przed I wojną światową istniała w Kijach biblioteka parafialna udostępniająca swoje zbiory parafianom. Mieściła się ona na chórze kościelnym oraz na plebanii.

Po trzecim rozbiorze Rzeczypospolitej, Kije znalazły się w granicach zaboru austriackiego. Od 1815 roku, czyli od momentu utworzenia Królestwa Polskiego, pozostawały w zaborze rosyjskim, aż do końca niewoli narodowej.

Po rozbiorach zmieniła się przynależność Kij do terenowych władz administracji państwowej. Mianowicie w początkach XIX w. parafia leżała na terenie województwa krakowskiego, które w 1837r. przemianowano na gubernię krakowską, w 1941 r. na gubernię kielecką, zaś w roku 1845 na gubernię radomską. Po powstaniu styczniowym Kije znalazły się w granicach guberni kieleckiej, w powiecie pińczowskim.

Podczas II wojny światowej na terenie gminy działały oddziały partyzanckie. Najbardziej znaczącym przykładem ich bohaterskiej walki jest uderzenie na pociąg kolejki wąskotorowej. 28.VII.1944 r. grupa żołnierzy BCh dokonała nieudanej próby rozbrojenia żołnierzy niemieckich jadących tą kolejką przy moście na Nidzie koło wsi Umianowice. W walce trwającej około 45 minut partyzanci ponieśli klęskę i zmuszeni zostali do odwrotu.

W obecnym stanie terytorialnym gmina Kije działa od 1 stycznia 1973 roku. Utworzona została z obszaru zlikwidowanych Gromadzkich Rad Narodowych w Czechowie, Stawianach, Kliszowie i Kijach.